10XGenomics單細胞轉錄組測序

浏览量: 137   / 时间:2019-12-28   /作者:线上体育平台

單細胞轉錄組測序(Single-cellRNA-sequencing,scRNA-seq)是在單個細胞水平對mRNA進行高通量測序的一項新技術,原理是將分離的單個細胞中微量的mRNA通過擴增后再進行高通量測序。單細胞轉錄組測序能夠有效解決組織樣本細胞異質性以及常規RNA-seq被掩蓋的細胞群內的轉錄組異質性難題,有助于發現新的稀有細胞類型,线上体育平台并深入了解細胞生長過程中的表達調控機制。

基于10xGenomics新Chromium系統,利用油包水的微反應體系,通過序列標簽(cellbarcode和UMI)區別群體中的不同細胞和轉錄本,獲得單細胞水平的基因表達譜,可實現數千甚至上萬個單細胞群體分析,解決常規scRNA-seq方法在通量或擴展性方面存在的不足,為單細胞研究開拓新的思路。

通量高一次可以同時測8個樣本每個樣本至多可測10000個細胞周期短6分鐘內完成上萬個細胞封裝一天之內完成細胞懸液制備、單細胞捕獲、擴增以及建庫捕獲效率高單個細胞捕獲效率高達65%應用范圍廣動物細胞、植物細胞均可以進行單細胞測序廣泛應用于腫瘤細胞異質性、免疫細胞群體檢測以及胚胎發育等研究

利用8通道的微流體雙十字交叉系統,將含barcode的凝膠珠(GelBeads)、細胞和酶的混合物、油三者混合,形成GEMs。GEMs形成后,細胞裂解,凝膠珠自動溶解釋放大量barcode序列,隨后mRNA逆轉錄產生帶有Barcode和UMI信息的cDNA,再構建標準測序文庫。

案例一通過10×genomics單細胞轉錄組測序繪制肺癌腫瘤微環境圖譜Phenotypemoldingofstromalcellsinthelungtumormicroenvironment

文章共選取5例共19個樣本,通過10×genomics單細胞轉錄組測序探索基質細胞的亞群分類、基因功能(信號通路)、關鍵marker基因和臨床預后。共鑒定出52個基質細胞亞群,反映了腫瘤微環境復雜性。對基質細胞的marker基因做生存曲線,發現這些marker基因可以作為肺癌預后診斷的潛在標志物。

參考文獻LambrechtsD,WautersE,BoeckxB,etal.Phenotypemoldingofstromalcellsinthelungtumormicroenvironment.Naturemedicine,2018,24(8):1277.(IF:32.621)

1.為什么每個樣品需要那么多的細胞量?答:細胞在上機之前,需要對進行一系列的質檢,質檢過程需要用掉部分細胞。2.如何檢測細胞活性?答:可以使用臺盼藍染色,用顯微鏡觀察細胞活性。3.植物細胞能做單細胞測序嗎?答:植物細胞可以做單細胞測序,但需要注意兩點:1.需要注意細胞大小,10×genomics的適用對象是直徑小于40μm的細胞。2.植物細胞含有細胞壁,細胞壁對后續裂解有影響,所以需要用纖維素酶等消化細胞壁,制成原生質體。4.單細胞測序需要和常規轉錄組一樣設置重復嗎?答:單細胞測序的目的是分離群體細胞中的不同亞群,表征這些亞群的特征,我們建議老師最好有實驗組和對照組,但一般對生物學重復沒有要求。